高度な知能を持つ昆虫が、発達した科学力と恐ろしい兵器を携え、人間社会の侵略を企んだ。その名は蟻族のギドロン。 彼らによって昆虫と同じサイズと、虫の特性を生かした戦闘力を与えられた縮小人間・ミクロイドにされた3人の少年少女が、ギドロンの魔の手から逃れ、人間社会にギドロンの存在を知らせることで警告を与えようとする。その名は、ヤンマ、アゲハ、マメゾウ。 だが、出会う人間のほとんどが彼らの話しを信じないばかりか、ミクロイドたちに対する好奇心と彼らを利用しようとすることしか頭にない。 数少ない理解者である美土路博士と、その息子・学少年の協力のもと、人間社会に迫るギドロンの恐るべき陰謀に立ち向かう。 手塚治虫のSF漫画をアニメ化。原作は「ミクロイドZ」であったが、番組スポンサーにセイコーが入ったため、「S」になったという逸話を持つ。我妻宏は本作が初メインキャラデザイナー。
