《不灭的李舜臣》通过描述李舜臣、柳成龙、元均等人的人生，讲述维持7年的朝日战争和败战的首要原因。 在该剧中，中国明朝的军队军备被严重弱化，明朝人物也不符合历史，刻画的明军将领相当无能，损毁明军形象，透露着没有明军朝鲜也能打败日本的意思。 李舜臣、柳成龙、元均三人的关系：这三人从小就是一起念书的同学，后来柳成龙去参加科举考试当文官，元均则习武当上了武官，李舜臣冒充兄长李耀臣参加科举考试却被识破，因此转而习武。三人长大后，元均和李舜臣都当上了水军将领，柳成龙则加入东人党成为了领议政。元均与李舜臣因为战功问题产生了矛盾，被朝廷党派利用，酿成了李舜臣被诬陷、元均被日军打死的惨剧。 李舜臣的婚姻问题：李舜臣的初恋情人是他武术师父南宫斗的女儿。可有一次倭寇胁坂康义杀死了南宫斗，强暴了南宫斗的女儿即李舜臣的情人。李舜臣则在胁坂康义的左眼旁边留下了一道深深的刀疤。而李舜臣与胁坂安治的梁子也结下了。后来李舜臣结交了朝廷官员方镇 ，与方镇的女儿结婚了。 明朝将领的问题：明朝第一个使者林世禄到朝鲜来，怀疑朝鲜与日本结盟来攻打 大明，所以不肯派出援军。朝鲜国王宣祖以及领议政柳成龙为了请求明朝出兵，就先后跪在林世禄的面前求情。接着，明朝将领祖承训和李如松等人先后率军到朝鲜支援。但另一方面，明朝的使者谭宗仁、沈惟敬等人却瞒着朝鲜政府与日本的小西行长进行和谈。 和谈破裂后，日军再次入侵朝鲜。明朝派杨镐等人援助朝鲜。柳成龙与杨镐组成了朝明联合军，屡战屡胜，多次打败日军将领加藤清正。杨镐很欣赏李舜臣的才能，引起了明朝陆军提督刘綎的不满。刘綎挑拨明朝水军都督陈璘与李舜臣的关系，一度使他们二人兵戎相见。在一次作战中，陈璘率领明朝水军遇到了小西行长的埋伏。陈璘的座舰被日军包围。陷入绝望的陈璘准备自杀谢罪。这时，李舜臣派麾下的一位老将军率领舰队前去救援。这位老将军虽然成功把陈璘救出来，但却不幸被日军火枪手击毙。经此一役，陈璘完全改变了对李舜臣的偏见，与李舜臣结下了深厚的友情。不久，丰臣秀吉病死，日军准备撤退。小西行长派要时罗去收买刘綎。要时罗绑架了刘綎的儿子，并用一千颗首级以及金银财宝利诱刘綎给小西行长留了一条活路。非但如此，刘綎还把放跑日军的责任加在李舜臣头上。在陈璘等人的帮助下，李舜臣的冤屈得以洗清
