公元3000年，人类文明发展到顶峰，一步迈入二级文明。利用各种自然与超自然能源研发出“负仿地心能粒子”装置以进行对未知的河外星系进行探索，代号‘莫霍’。但同时，携带着高能性的腐蚀性粒子的地心能开始向世界各地扩散以致渗透到地下2900千米处的“古登堡界限”。终于在3020年，世界上爆发了人类历史上可知的第一场最大厄难——“富士山灾役”。人类大幅伤亡，从原本的230亿人口直线下滑剩仅存的7亿人，并且大面积的人类生存领地被侵占，仅存为数不多的地区被组建为“高防城”以供幸村人类生存。伴随着人类与“灾役”的持平相抗，“天下神祗”也逐渐显现于世……