2203年，人类科技高度进步，他们耗时百年研发出一种能够从地面向下高强度挖掘的巨大动力钻井，将其命名为“上帝之手”并启动了“地下3000英里”计划，因此破坏了地球引力诱发了极端气候。在挖掘途中，发现了一种从未被探测出的新型矿物晶体，此晶体中含有强辐射，可诱使人基因发生异变，遂被列为特级保护资源，安置在重点科研实验基地内，并将其命名为——S’ie。与此同时，一种外星噬菌突然来袭，它们受S’ie吸引，短短八年内不断地吞噬着地球上的生命体。这种外星噬菌破坏了人类社会，各地势力接连倒台，由储藏大量S’ie的地区的科研人员们自发组成临时政权，并迅速划分出十一个无菌区。八年后，生存在十一区内的高中二级生少年阿灿，他因一些儿时的意外对“上帝之手”十分的痛恨，更不愿接受学校对十一区的狂热吹捧，于是他整日逃避学校自我抛弃，却在一次夜晚意外遇到被追击的神秘少女胧。与胧的相遇彻底改变了灿的人生，那场意外使他发现了自己身上隐藏着强大到足以改变世界的力量，从此他被卷入了这场来自狂热科技与人类本性的战争...